国税庁は現在、平成31年1月より個人納税者のe-Tax利用を簡便化するべくシステム修正を進めている。マイナンバーカードを用いてマイナポータル経由またはe-Taxホームページなどからログインするだけで利用を開始できるようになり、事前に税務署長へ届出をしてID、パスワードの通知を受けこれらを管理・入力するといった手間をかける必要がなくなる。
医療費控除の申告手続きも、簡便になる。健康保険組合などの医療保険者は、関係機関間の情報連携に向け被保険者、被扶養者の個人番号の収集・登録を行い、国・地方を合わせたマイナポータルサービスの開始後、各被保険者等に対して、自己負担額を記載した医療費情報をマイナポータルに通知。各被保険者は医療費控除の還付申告をe-Taxで行う際、この医療費情報を控除の証明書として活用でき、領収書の収集やデータ入力の手間を省くことができる。
28年末に、マイナンバーカードに格納された公的個人認証サービスの電子証明書の読み取りや電子署名・電子利用者証明が可能でICカードリーダとして利用できるスマートフォンが発売され、さらなる対応機種の増加が見込まれることから、同庁では今後、スマートフォンのみでの申告を可能とするシステムの準備も進めている。