沖縄防衛局は、普天間飛行場の代替施設を沖縄県名護市辺野古沿岸域に設置するための公有水面の埋立てに関し、変更の承認の申請をしたところ、上告人（沖縄県知事）は変更を承認しない旨の処分をした。被上告人（所管大臣）は、沖縄防衛局の審査請求を受けて、本件変更不承認を取り消す裁決をし、その後、変更の承認をするよう是正の指示をした。上告人が、本件指示が違法な国の関与に当たると主張して、本件指示の取消しを求めた事案。
最高裁判所は、法定受託事務に係る申請を棄却した都道府県知事の処分について、これを取り消す裁決がされた場合、都道府県知事は、上記裁決の趣旨に従って、改めて上記申請に対する処分をすべき義務を負う。仮に、上記裁決にもかかわらず、都道府県知事が上記処分と同一の理由に基づいて上記申請を認容する処分をしなければ、処分の相手方が不安定な状態に置かれ、紛争の迅速な解決が困難となり、上記裁決が国と普通地方公共団体との間の紛争処理の対象にならない（地方自治法２４５条３号括弧書き）とした取り決めに照らしても相当ではない。本件指示が適法であるとした原審の判断は是認することができ、上告人の論旨は採用できないとして、裁判官全員一致の意見で上告を棄却した。
■参考：最高裁判所｜ 法定受託事務に係る申請を棄却した都道府県知事の処分が、これを取り消す裁決がされた場合において、都道府県知事が上記処分と同一の理由に基づいて認容する処分をしないことは法令違反に該当する｜
