厚生労働省は３１年度税制改正要望の中で、医療に係る消費税問題の抜本的な解決を要望した。社会保険診療については消費税は非課税扱いで、消費税導入時や５％への引上げ時には、医療機関等の仕入れに係る消費税負担に対し診療報酬改定で対応した。
８％への引上げ以降は、厚労省の「医療機関等における消費税負担に関する分科会」の議論を踏まえ、診療報酬の中で、基本診察料等に上乗せすることで対応してきた。しかし今年７月の分科会では、８％への引上げによる医療機関等の控除対象外消費増税分（３％）に関して医療機関種別ごとで補てん状況に相当程度のばらつきが見られることが確認され、１０％への引上げ時には同じ対応では限界があるとして、個別の医療機関等の補てんの過不足に対し新たな措置を講じるよう要望した。
三師会と四病院団体協議会も、先に公表した「控除対象外消費税問題解消のための新たな税制上の仕組みについての提言」で、この問題は医療機関等の経営上極めて大きな負担であるとし、診療報酬への補てんを維持したうえで、個別の医療機関等ごとに診療報酬本体に含まれる消費税補てん相当額と、医療機関等が負担した控除対象外仕入れ税額を比較し、過不足がある場合は申告により対応するよう求めている。
